یکی دیگر از مسایلی که در اوایل دهه 1340 اتفاق افتاد و در ارزیابی گروههای مبارز و مخالف رژیم، بخصوص جریان فکری اسلام فقاهتی - ولایتی تاثیر گذاشت، قیام 15 خرداد و سرکوب بی‌رحمانه آن از سوی رژیم شاه بود.در طول تاریخ ایران، روحانیت همواره به عنوان حافظ احکام الهی در صحنه جامعه حضور داشته و دولتها نیز سعی می‌کرده‌اند حرمت‌حضور و نفوذ آنها را نگه دارند و به طور علنی به اسلام تعرضی نکنند.در واقع، حضور و وجود روحانیت‌به عنوان اولین و مهمترین گروه ذی نفوذ، برای شاه نیز پذیرفته شده بود و شاه همیشه سعی داشت که خاطر آنها را بجوید و خود را طرفدار اسلام، مرجعیت و روحانیت معرفی کند.
بدین لحاظ، برای حفظ ظاهر، هیچ تمایلی به برخورد مستقیم و خشونت‌آمیز با روحانیت نداشت و بیشتر سعی می‌کرد با جلب نظر و حمایت آنها، برنامه‌های خود را جامه عمل بپوشاند.در جریان اصلاحات اجتماعی نیز که یک طرح امریکایی بود، شاه امیدوار بود که از حمایت روحانیت‌برخوردار شود.به همین دلیل بود که بعد از رحلت آیت الله بروجردی، علی رغم میل باطنیش، امینی را برای جلب نظر روحانیت مخصوصا حضرت امام قدس سره به قم فرستاد. (1)
در قضیه انجمنهای ایالتی و ولایتی هم پس از چند تلگراف از امام قدس سره و سایر مراجع، دولت تسلیم نظر علما شد و لایحه را رسما لغو کرد.
با وجود این، موج احیای اسلام که از دهه 1330 شروع شده و به اوج خود رسیده بود، مایه نگرانی شاه بود و او نمی‌خواست (و حتی نمی‌توانست) به روحانیت امتیاز بدهد.از سوی دیگر، همان گونه که دیدیم، حضور و استقرار امام خمینی قدس سره در جایگاه مرجعیت، تحولی اساسی در برخورد روحانیت‌با رژیم بوجود آورد و هر نوع محافظه‌کاری و پرهیز از سیاست را در حوزه‌ها منتفی ساخت.امام خمینی قدس سره که در ملاقات با امینی به نصیحت و پند و اندرز اکتفا کرده بود، در جریان لایحه انجمنهای ایالتی و ولایتی موضع خود را شدت بخشید و دولت علم را در تلگرافهای خود حتی‌تهدید کرد (2) و با فشار افکار عمومی علما و روحانیت و مردم، هدف الغای لایحه را تحقق بخشید.
پس از ختم غائله انجمنهای ایالتی و ولایتی، امام لحن بیانیه‌ها و سخنرانیهای خود را تندتر کرد و در قضیه مربوط به تصویبنامه ملی و رفراندم عمومی (بهمن 1341)، طی پیامی که به ملت ایران فرستاد، از تجاوز دستگاه حاکمه به احکام مقدس اسلام و قرآن، و قصد دولت‌برای نابودی اسلام و روحانیت پرده برداشت و ضمن «اعلام خطر نسبت‌به دستگاه جابره‌» ، دولت را استیضاح کرد و به طور صریح نوشت:
من چاره در این می‌بینم که این دولت مستبد به جرم تخلف از احکام اسلام و تجاوز به قانون اساسی کنار برود و دولتی که پای‌بند به احکام اسلام و غمخوار ملت ایران باشد بیاید. (3)
پس از این موضع‌گیری قاطع و روشن امام خمینی قدس سره، برای اولین بار یک اعلامیه مشترک از سوی نه تن از مراجع تقلید و آیات عظام حوزه علمیه قم در محکومیت تصویب نامه صادر شد (4) و مخالفت ملت‌با آن اعلام گردید.پس از آن امام قدس سره مستقیما مردم و روحانیت را به مقاومت در برابر سر نیزه‌های زنگ زده و پوسیده و مقابله رو در رو با رژیم فرا خواند (5) و از علما خواست که عید نوروز 1342 را به عنوان مبارزه منفی علیه رژیم، تحریم کنند. (6)
مجموعه برخوردهای امام و روحانیت‌با رژیم از رحلت آیة الله بروجردی تا اوایل سال 1342، رژیم شاه را به این نتیجه قطعی رساند که نباید هیچ امیدی به مصالحه و سازش با امام داشته باشد.بدین لحاظ، شاه کم کم ماهیت اصلی خود را آشکار کرد و به گستاخی علیه مذهب و روحانیت پرداخت و آنها را مرتجع، «صد برابر خائن‌تر از حزب توده‌» ، و همدست کمونیستها معرفی کرد. (7)